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Clannad nos cuenta la historia de Tomoya Okazaki, un estudiante de tercer año de secundaria al que la suerte, desgraciadamente, no le sonríe: su madre murió cuando era joven, dejando así su custodia a Naoyuki, su padre, que, al verse afectado por esta trágica pérdida, queda hundido en el juego y el alcohol. La relación entre padre-hijo se complica hasta el punto en que Tomoya decide frecuentar casa lo menos posible. La historia comienza cuando cono Enlace permanente.